En juin 1940 : occupation de l'aérodrome de Toussus-le-Noble et réquisition des établissements Salis. Une partie du matériel et du stock est enlevée, une autre partie est détruite. Les avions sont sectionnés, les pièces détachées brisées. Parmi ces 32 avions de collections : 3 Bleriot, 2 Farman, 3 Morane, 1 Libellule Hanriot, et 2 prototypes J-B. Salis. Une dizaine de véhicules individuels et utilitaires est également saisie. Entré dans la Résistance, Jean-Baptiste met sa propriété à la disposition du Commandement anglais B.O.A.; la piste est alors homologuée sous le "nom de code BINIOU".
Elle ne recevra que des parachutages en vue d'equiper la résistance et préparer un terrain de secours proche de Paris. Pour subsister, il remet en service 1'exploitation agricole. Il a également acheté une scierie à La Ferté-Alais, ce qui lui permet, en tant qu'exploitant forestier de circuler et de faire circuler dans les bois des "bûcherons", ainsi que de défricher les chemins et la piste du futur aérodrome. Il recevra la Croix de Guerre 1939/45 avec palme et sera nommé Chevalier dans l'Ordre National de la Légion d'Honneur à titre militaire.
